中医药博物馆建筑面积6000多平方米，由医史博物馆、中药标本馆和上海中医药大学校史陈列馆3部分组成。其中医史博物馆创办于1938年7月，馆藏自石器时代至近现代的中医药珍贵文物1.4万余件，是中国最早建立、目前全国最大的中医药史专业博物馆。中药标本馆建于1958年，收藏中药和中成药产品3000余件，通过介绍中药形态、功效，传播中药科学知识。

　　博物馆馆长、中医专家吴鸿洲如数家珍：“你一定想不到，医史馆的镇馆之宝，是一尊毫不起眼的针灸小铜人！”其珍贵之处，在于它是清代乾隆皇帝赐予编著《医宗金鉴》的官员铸于1744年的10多尊铜人中，惟一传承下来的一尊。

　　馆藏最早的文物，要数新石器时代的砭石、骨针。它们是最原始的医疗器械，距今已有五千多年。“针砭”一词，盖源于此。

　　中医除了用草药，早有外科手术辅助，一套出土于河南新乡的南北朝时期的中医药手术器械中有个类似手术刀的器械，边上开有细槽，血可以顺槽流出，足见古老中医的聪慧。

　　常说“葫芦里卖的什么药”，这葫芦，也源出中医。博物馆里有诸多葫芦藏品，大到半人高的葫芦铜熏，小到拇指长的牙雕葫芦，细细品来，颇有意趣。

　　“现在美容院兴起的用精油进行香薰等舒缓人体精神的疗法，中医早就有了。”

　　吴鸿洲指着各式各样的香薰炉介绍，将檀香等香料药物置入炉中点燃，其烟雾可净化空气，消灭病菌，是中医“以防为主”的重要手段。

　　藏品中，还有几颗不起眼的橘色小丸，竟是从晋代王羲之妹妹墓中出土的赫赫有名的“长生不老丹”。实际上，它们不但未必有益，还可能致人于死地，因为其中75%是汞。

　　博物馆里，有几个用蜡像制作的场景，再现了古代医家的行医情形。如取自《清明上河图》一景的“宋·赵太丞家”，将医患求医问诊的神情塑造得栩栩如生。让人感慨的是一副对联：“但愿世间人长寿，不惜架上药生尘”。真该让现今那些为牟利不惜开高价药甚至制售假药的“医者”对照反省！